Nel Mar Mediterraneo una delle principali cause di morte di origine antropica per la balenottera comune (Balaenoptera physalus) e il capodoglio (Physeter macrocephalus) è rappresentata dalle collisioni con le imbarcazioni.

Ogni anno, 220.000 navi di oltre 100 tonnellate solcano le acque del Mediterraneo e circa il 30% del traffico marittimo internazionale complessivo origina o è diretto a 300 porti mediterranei. Questi numeri sono destinati a crescere. Il solo bacino Corso-Ligure-Provenzale (che rientra all'interno del Santuario Pelagos) è attraversato giornalmente da più di 9.000 imbarcazioni tra navi da carico, aliscafi, traghetti, motoscafi, barche da whale watching, pescherecci, navi militari etc. La probabilità di collisione dipende dal tipo di imbarcazione. Le navi coinvolte più spesso in incidenti con i grandi cetacei sono di solito quelle che percorrono delle tratte lunghe, come i traghetti, i cargo e le navi da crociera. Queste navi navigano spesso con il pilota automatico, di giorno e di notte. Il maggior numero di incidenti si verifica nei mesi estivi, a causa dell'aumento del traffico marittimo e in particolare di traghetti turistici e imbarcazioni private ma anche delle navi commerciali.

Dal momento che i cetacei non vengono rilevati dai radar, la probabilità di notare la loro presenza è molto bassa: per questo motivo, almeno di giorno, è fondamentale che ci sia sempre almeno un osservatore che controlli di non avere cetacei in rotta di collisione e che possa avvertire tempestivamente per virare e evitare l'animale. I due grandi cetacei spesso coinvolti in collisioni (balenottera e capodoglio), come tutti i cetacei, emergono per respirare e possono rimanere in superficie per periodi abbastanza lunghi. Questo comportamento, unitamente all'enorme mole che rallenta i tempi di reazione e i movimenti, è tra le cause che concorrono a rendere queste due specie più soggette alle collisioni.

Per quanto questi animali siano grandi, le navi di grossa stazza difficilmente si accorgono di aver investito un animale: la collisione avviene in alto mare e il corpo rimane incastrato sul bulbo di prua della nave; solo durante le manovre di attracco il cadavere dell'animale si distacca rendendo palese l'accaduto. In altri casi invece gli equipaggi delle navi non sanno di dover segnalare l'accaduto, di conseguenza le collisioni rimangono spesso non registrate anche se conosciute dal perosnale di bordo.

A causa delle collisioni i cetacei spesso non sopravvivono o riportano gravi ferite, ma il problema riguarda anche le imbarcazioni e i passeggeri. Se le navi di grossa stazza non corrono pericoli e l'impatto con un cetaceo può non essere avvertito, per le imbarcazioni più piccole il rischio diventa serio. Si pensi ad esempio alle possibili conseguenze dell'impatto tra una balenottera comune di 20 metri e un motoscafo della stessa lunghezza. Elaborare strategie di mitigazione per ridurre il rischio di collisione non ha quindi solo la funzione di tutela dei cetacei ma serve anche a garantire la sicurezza dei naviganti.

L'Istituto Tethys, grazie a un finanziamento ricevuto dal Ministero dell'Ambiente e della Tutela del Territorio e del Mare, in collaborazione con ACCOBAMS e IWC, sta elaborando una serie di misure di mitigazione per ridurre i rischi di collisione tra imbarcazioni e grandi cetacei in Mediterraneo. Fra queste c'è l'ampliamento della banca dati sulle collisioni, cercando di reperire anche segnalazioni di incidenti avvenuti in passato. Questo è importante al fine di effettuare stime attendibili sull'entità del problema. Inoltre, vengono raccolte informazioni sul traffico marittimo e sul numero e tipologia di imbarcazioni che solcano le acque del Mediterraneo.

Nell'ambito del progetto Gionha questo aspetto viene indagato analizzando i dati di spiaggiamento dei cetacei nell'area transfrontaliera e, ogni qual volta sia specificata la causa di morte, associare alla morte dei cetacei l'evento collisione. Inoltre, si potranno anche mettere in relazione i dati sulla presenza di navi nel Santuario Pelagos e la distribuzione dei cetacei nella stessa area, cercando di calcolare la probabilità di collisione ed un fattore di rischio per questi animali.