Les interactions entre les cétacés et la pêche ont souvent des conséquences négatives en ce qui concerne la protection de ces animaux. On relève en particulier trois problèmes majeurs :
•    la mort accidentelle, par noyade ou à la suite de blessures, des cétacés pris au piège dans les engins de pêche ciblant d’autres espèces (poissons, crustacés, mollusques) ;
•    l’abattage direct des cétacés par les pêcheurs qui considèrent qu’ils leur font concurrence et qu’ils endommagent les engins de pêche (les dauphins cassent souvent les filets lorsqu’ils cherchent à attraper les poissons qui y sont pris) ;
•    la prise excessive des proies des cétacés (surpêche) et des pratiques illégales de pêche.
La capture accidentelle de cétacés avec des engins de pêche en Méditerranée (bycatch) est surtout due aux filets pélagiques dérivants qui, même s’ils sont illégaux, sont encore utilisés dans de nombreux pays pour la pêche au thon et à l’espadon.
On peut utiliser différentes méthodes pour étudier la situation des interactions entre les cétacés et les activités de pêche dans une aire particulière : analyses des données sur les échouages, entretiens directs avec les pêcheurs, utilisation des livres de bord que les pêcheurs doivent remplir, présence d’observateurs à bord des bateaux pour suivre des activités de pêche. Dans certaines aires italiennes, on a aussi expérimenté des systèmes acoustiques de dissuasion (Acoustic Mitigation Devices, AMD). Il s’agit de systèmes électroniques, appliqués sur les filets, qui signalent aux dauphins la présence d’un obstacle.
 

L’activité prévue par le projet Gionha comprend :
•    l’observation directe et le recensement des systèmes de pêche les plus utilisés dans l’aire intéressée ;
•    la prise en compte de la densité et de la typologie de la flotte active dans la zone ;
•    le relevé des débarquements commerciaux et des entretiens auprès des pêcheurs pour recenser les aires de pêche et les espèces ciblées ;
•    l’analyse des données relatives aux échouages collectées au fil du temps dans toute l’aire du Sanctuaire Pelagos, surtout en relation à des morts dues à une prise au piège dans des filets ou, au minimum, à cause d’une interaction quelconque avec l’activité de pêche.
Les résultats devraient indiquer quel est l’engin de pêche qui a les effets les plus négatifs sur les cétacés et quelle est l’espèce de mammifère la plus vulnérable à la pêche.